הרפואה הנטורופתית צמחה מתוך שיטות ריפוי משלימות שנוסדו במאה ה- 18 וה-19 אך שורשיה נטועים באסכולות מוקדמות כפי שניתן להבין מדברי אפלטון: "הטיפול במחלות רבות אינו נהיר לרופא.. מפני שאינם יודעים את חשיבותו של השלם – נושא שמן הראוי להקדיש לו לימוד וחינוך מיוחד זאת היות והחלק אין ביכולתו להחלים, כל עוד השלם אינו בריא. זוהי השגיאה הגדולה ביותר של ימינו הקשורה בתהליך הריפוי של גוף האדם- העובדה שהרופאים מפרידים בין גוף לנפש " (אפלטון 347-427 לפנה"ס).

שורשיה הפילוסופיים נטועים באסכולה הרפואית של היפוקראטס- אבי הרפואה הטבעית (בערך 400 לפנה"ס) הוא טבע את המושג "נפש בריאה בגוף בריא". היפוקראטס היה הרופא הראשון בהיסטוריה אשר ביסס את תורתו על הטבע, שהוא בעל בסיס רציונלי וראה בתפקידו של הרופא להבין את חוקי היקום ולקיימם. הוא ראה במחלה תולדה וחיפש את הסיבה לה בתופעות טבעיות כגון אויר, מים, מזון וכיו"ב.

המושג vis medicatrix naturae = הכוח המרפא של הטבע, מושג זה ציין את יכולתו של הגוף לרפא את עצמו אם תינתן לו האפשרות הנאותה. תפקיד הרופא לעזור לגוף במאמציו תוך שימת דגש לא לגרום נזק, להימנע ממנהגים המחלישים את הגוף ומטיפולים הנוטלים על עצמם את אחד מתפקידי הגוף.

הנטורופתיה או ה"ריפוי הטבעי" מהווה דרך חיים ותפיסת ריפוי גם יחד המשתמשות באמצעים טבעיים שונים על מנת למנוע מחלות ולטפל בהן.

בשנת 1895 ד'ר גון שול מניו יורק היה אחד הרופאים אשר ביקש להפיץ את תורתו של היפוקראטס, ישנם עוד חלוצים בהיסטוריה של הריפוי הטבעי מאמריקה וממרכז אירופה, אך מי שנחשב לאדם שתורתו ויוזמתו הארגונית אשר החדירה את הנטורופתיה לארה"ב היה בנדיקט לאסט שהחל להשתמש במונח נטורופתיה ב- 1902 ככינוי לאוסף גישות ריפוי טבעי שבחזונו ראה בהם את מרכיביה העתידיים של הרפואה הטבעית והם כללו את הטיפול התזונתי, דיאטה טבעית, צמחי מרפא, הומאופתיה, מניפולציה לעמוד השדרה, ריפוי באמצעות פעילות גופנית, הפחתת סטרס, ריפוי במים ובזרמי חשמל ועוד.

הוא הגדיר את השיטה הטבעית לטיפול במחלות כמבוססת על חזרה לטבע דרך ויסות הדיאטה, הנשימה, הפעילות הגופנית, הרחצה והשימוש בכוחות שונים כדי לבטל את התוצרים הרעילים בגוף ולהעלות את החיוניות של החולה לרמה התואמת בריאות נאותה.

ריפוי טבעי משמעו נקיטה בצעדים הבאים:

   1. צמצום הרגלים רעים – עקירת הרגלים מזיקים כגון אכילת יתר, צריכת אלכוהול, קפה, תרופות , אכילת בשר,
       ועוד ובעיקר בזבוז כוחות חיוניים.
   2. הקניית הרגלים – נשימה נכונה, פעילות גופנית נכונה, גישה חיובית לחיים, הפסקת המרדף אחרי 
       ה"חיים הטובים" – העושר.
   3. אימוץ עקרונות חדשים – לבריאות הגוף והנפש באמצעות שיטות טיפול שונות טבעיות.

  
 

"אין עושר כבריאות" (בן סירא) לחיים ולטבע זוויות שונות, לבריאות אלף פנים, לרפואה גישות שונות ולחולי שורה ארוכה של מחלות, כל אלה שזורים זה בזה ומהווים את פסיפס החיים, הבריאות והחולי סביב ישותו של האדם.